根據 ( 台灣府誌 ) 記載：「徑門林幽，竹木花果頗稱勝，概顏其山門曰小西天寺」，這個『小西天寺』即是現今竹溪寺的前身。

　　台灣史學家盧嘉興考證，竹溪寺是台灣第一座寺院，其所列舉的裡由是，明永曆五年 ( 一六五一 ) 沈光文遇颶風漂流至台灣，沈光文素有『台灣文獻始祖』之美譽。沈光文，字文開，號斯庵，明神宗萬曆四十年 ( 一六一二 ) 生，浙江?縣人氏，明思宗崇禎三年 ( 一六三 0) 中副榜，崇禎九年以明經貢太學。清朝入關，沈光文起兵於魯王的台州，並出任監國，即日移兵紹興，授太 常寺 博士。

　　沈光文於永曆六年至台南，永曆十五年鄭成功驅逐荷蘭人渡台，經置東都，設承天府並天興、萬年兩縣治理。永曆十六年嗣王鄭經繼位，興建市肆，築造廟宇，十八年鄭經放棄金、廈回台，改東都為東寧，升天興、萬年二縣為兩州，裁承天府。是時經州守倡建梵宇於南郊南溪之畔，名曰『小西天』，此有沈光文所云詩為證，詩曰：『州守新構僧舍于南溪，人多往遊，余未及也。』沈氏詠此詩不久，於永曆十九年 ( 一六六五 ) 因寓諷鄭經之賦被讒，幾罹不測，經變服入山為憎。故『小西天寺』係在二縣生州之後，沈氏逃禪之前，亦是在永曆十八年末或十九年初所建。故盧氏考證結果，台灣建於明朝時期的三座佛寺中，最早的為竹溪寺，次為彌陀寺，再次為龍湖岩。

　　竹溪寺因時代久遠，於乾隆五十四年 ( 一七八九 ) 經里人蔡和生倡修，嘉慶元年 ( 一七九六 ) 黃鍾岳等再募捐重修，嘉慶二十三年董事劉廷貴復修，光緒十二年 ( 一八八六 ) 候補通判鮑復康再重修一次。日據時代上官玄、林神等人見寺宇破損，殿閣荒蕪，決心聘一住持整頓。明治四十三年 ( 一九 0 九 ) 適捷圓法師 (?~ 一九四七 ) 自福建鼓山湧泉寺受戒歸來，應聘昇座主事，履任後銳易整頓叢林，先後興建三寶殿、大士殿、大悲樓、蓮花塔、東廊等工程。昭和二年 ( 一九二七 ) 孟春，捷圓法師將平日所鳩集之金重建竹溪寺，採中國建築即西洋建築二式和璧，至昭和九年始全部完工，捷圓法師於民國三十七年 農曆三月四日 圓寂。捷圓法師圓寂後由其高徒眼淨和尚 ( 一八九八 ~ 一九七一 ) 繼任。眼淨和尚，俗名林看，法號証法，字眼淨，台南下營鄉人氏，年十三投禮捷圓法師出家，戒後曾於台北臨濟宗鎮南中學林、日本京都臨濟學院，以及閩南佛學院就讀。在其任內曾增築左外廂房、新塔、功德堂，台灣光復後被選聘為台南市佛教會理事長，以及被聘任為台南開元寺、楠梓慈雲寺、北港朝天宮等多所寺院住持，民國六十四年 農曆二月三日 圓寂，享年六十四歲。

　　竹溪寺曾於民國四十三年起開辦『竹溪佛學書院』，一年一屆連辦二屆而止，至民國五十一年後辦第三屆。眼淨和尚圓寂後由其弟子然妙法師繼任，然妙法師原是監視，民國七十七年往生，之後再由常定法師接任住持。常定法師因身體違和約在民國八十三年賦山上靜養，改由現任住持正定法師接任。